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中科DNA技术鉴定疑问与解答(一)

作者.中科藏獒  日期.2015-12-14  来源.www.tm-cas.com  浏览.3504

1、形成高原适应性所需的时间(如何论证或辅证)
高原适应遗传基础的形成时间随形成过程中的选择动力不同而不同:自然野生物种适应高原的进化驱动力是自然选择,时间尺度以百万年为单位,如牦牛、藏羚羊、地雀等,一般通过计算其与系统发育关系最邻近的物种的最近共同祖先来估计形成时间(coalescent theory);家养物种(非高原驯化,属迁徙进入)适应高原的进化驱动力则是自然选择与人工选择的共同作用,时间尺度不超过物种驯化的起源历史,一般来说在万年以内,具体驯化时间需要根据不同物种构建模型进行估算。

2、高原适应性延续的时间(如何论证或辅证)(即能够保证后代约多少代不失去高原适应性)
高原适应一旦形成遗传基础,在高原环境下一直受自然选择作用,高原适应性会一直存在。在低海拔情况下,表观遗传可能会发生改变,但目前还没有具体研究结论。而在DNA水平上每个碱基每一代的突变速率是10-9左右,概率是非常低的,而高原适应多是多基因多位点共同作用的结果,在正常情况下,多个位点同时发生改变进而丢失功能的概率就更低了,约为(10-9)n

3、祖先犬具有高原适应性其后代犬(三代后)是否进行过抽检,抽检结果如何,抽检量有多少
在鉴定过程中我们鉴定过三代犬,完整保留了阳性结果。因为基于科学理论(见上一个问题的回答),发生丢失的概率几乎为0,而我们目前的检测结果也是100%一致,基于研究合理性考虑,因此并没有刻意进行抽检。

4、仅仅检测高原适应性是否可以区分藏獒与其他牧区高原犬种
我们目前对高原适应性的检测,还只是基于少量位点,要区分藏獒及其他牧区高原犬种,除了检测初步鉴定的少量位点外,还要检测纯系鉴定里面包含的更多位点。

5、与高原适应性检测同步进行的其他犬种排异都有哪些犬种
我们的鉴定技术尚处于初步阶段,将会随着研究的不断深入而不断完善。高原适应性的对比犬种包括Afghan Hound, Africanis, Akita, Alaskan Malamute, American Cocker Spaniel, American Eskimo, Australian Shepherd, Australian Terrier, Basenji, Basset Hound, Beagle, Bernese Mountain Dog, Bloodhound, Border Collie, Borzoi, Boston Terrier, Boxer, Briard, Brittany Spaniel, Brussels Griffon, Bull Mastiff, Bull Terrier, Bulldog, Cairn Terrier, Canaan Dog, Cardigan Welsh Corgi, Cavalier King Charles Spaniel, Chihuahua, Chow-chow, Collie, Dachshund, Dingo, Doberman Pinscher, English Cocker Spaniel, English Springer Spaniel, Flat-coated Retriever, French Bulldog, German Shepherd Dog, German Short-haired Pointer, Giant Schnauzer, Glen of Imaal Terrier, Golden Retriever, Great Dane, Greyhound, Havanese, Ibizan Hound, Irish Water Spaniel, Irish Wolfhound, Italian Greyhound, Jack Russell Terrier, Kuvasz, Labrador Retriever, Mastiff, Miniature Bull Terrier, Miniature Pinscher, New Guinea Singing Dog, Newfoundland, Norwich Terrier, Old English Sheepdog, Papillion, Pekingese, Pembroke Welsh Corgi, Petit Basset Griffon Vendeen, Pomeranian, Portuguese Water Dog, Pug, Rhodesian Ridgeback, Rottweiler, Saint Bernard, Saluki, Samoyed, Scottish Deerhound, Scottish Terrier, Shar-pei, Shetland Sheepdog, Shih Tzu, Siberian Husky, Staffordshire Bull Terrier, Standard Poodle, Standard Schnauzer, Sussex Spaniel, Toy Poodle, West Highland White Terrier, Whippet, Yorkshire Terrier。目前经过了初步鉴定后的排异鉴定犬种包括高加索、松狮、金毛、纽芬兰、罗威纳、杜宾、圣伯纳、萨摩、拉布拉多、比格、昆明犬、德牧等等。

6、这些排异的犬种DNA数据库或样本的来源及数量,来源是否纯正
来源于宠物医院、警犬基地及犬舍。

7、如何排除牧区其他高原犬种,其他牧区高原犬种是否也有样本或数据库,来源及数量
除了具有相似的高原适应性以外,还有各自的品种特征,对这些特征的遗传基础进行甄别,可以区分,参见第4点回答。目前有藏狮、西藏梗。

8、松狮犬产自青海,其是否具有高原适应性,如不具有原因是什么(完全不具有,还是有存在但不完整),是存在年代不够就久远,尚未产生大规模群体性基因变异还是由于后期国内及国际的犬种发展改良使其丢失了高原适应性
尚未发表内容,不方便透露,请见谅。

9、藏狮是否具有高原适应性,如具有,如何排除,藏狮是否有样本或数据库,来源及数量
藏狮具有高原适应性。藏獒和藏狮除了具有相似的高原适应性以外,还有各自的品种特征,对这些特征的遗传基础进行甄别,可以区分。藏狮有样本和数据库,其它信息不方便透露。参见第4,7点回答。

10、藏獒尚且处于未纯种化的阶段,牧区的犬只大部分仍是自由交配,仅仅由高原本土犬在独特的地理及气候条件下自然选育而形成,高原本土犬甚至是藏狮在藏獒物种形成中的地位及重要性如何考量,是否应排除或在何种程度上排除藏狮及其他已知高原本土犬基因
见第9条回答。

11、高原适应性关键位点有几个,如与其他平原地区犬种杂交,子一代再返配藏獒,子二代再返配藏獒,回复高原适应性的几率有多大
高原适应性鉴定位点属保密内容。请见谅!

12、其他高原适应性与青藏高原适应性的机制如何区分,其他高原地区的生物是否具有高原适应性,研究样本为什么,采集数量为多少,是否有相关检测或实验
其它高原地区生物同样具有高原适应性,但遗传基础各不相同,相关结论已有发表,可以从NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/进行查找。我们也有尚未发表的数据,现暂不方便透露。

13、高原适应性研究的内容是否可以公开,动物研究所的网页只有相关简介,并未有具体论文或著述
已发表的内容均为公开信息,动物研究所网站主页只罗列近期发表的文章,可以从NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/进行查找。

14、高原适应性研究在国际发表的途径,有哪些期刊和杂志,分别在遗传学领域具有何种地位,转载发行的期刊、杂志、网络是否能够收集
生物学科相关的期刊杂志均可发表高原适应性研究结果,目前已有很多研究结果,包括不同物种,不同选择压力,可以从NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/进行查找。期刊杂志的地位影响力可以参考其影响因子。

15、国内还有哪些机构从侧面论证了高原适应性,如何论证,论文及研究材料是否可以公开
国内研究高原适应性的机构有很多,云南农大、甘肃农大等均进行了藏獒高原适应研究,具体信息可以从NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/进行查找。

16、国际遗传学组织及机构如何看待中科院的高原适应性研究,是否有相关材料可以证明,是否有反对及质疑的方面,体现在哪些地方,如何解答与应对
藏獒适应性遗传基础工作的第一个结果首先发表于Molecular Biology and Evolution,杂志当期以perspective形式进行介绍,ScienceDaily,著名犬业杂志“BARK”均对其做了专题报道。目前尚未收到国际科研同行对我们结果的质疑。


   

      

 

17、通过了高原适应性但未通过其他犬种排异的犬只与通过犬只的检测数量及比例情况如何
受限于目前符合该条件的鉴定样本数量,无法获得有统计学意义的结论。

18、通过了高原适应性也通过了其他犬种排异,但未通过藏獒分子特征检测的犬只数量与通过犬只的检测数量及比例情况如何
受限于目前符合该条件的鉴定样本数量,无法获得有统计学意义的结论。

19、通过了高原适应性,也通过了其他犬种排异检测,是否仍有必要进行藏獒分子特征比对检测
排异检测其实就是同时检测不同位点不同犬种的分子特征。

20、藏獒分子遗传特征样本或数据库如何建立,所涉及的犬只采集地区、年份、数量、外貌特征、照片情况如何,是否可以公开,是否留有血库,如何应对行业对于藏獒样本库的质疑(藏獒还是青藏高原的本土犬)
我们数据库里的个体均有血液样品保存。藏獒的有效群体是十分庞大的,甚至是一些品种犬的数十倍。即使有串獒,只要扫描样本量足够巨大,那么藏獒的基本特征还是无法掩盖的,这也是群体遗传学的根本。而且,由于藏獒能够迁徙,只要有1%的迁徙率,就能保证整个大群体的统一性。当然,我们也考虑样本的覆盖度,虽不能说每个小地方都采集到,但整个青藏高原及其周边地区的分布范围内,我们每个大区域都有采集。除此之外,尼泊尔、帕米尔高原等周边地区我们也进行了采样。科学是客观公正的,云南农大在我们MBE文章发表后,也发表了一篇Genome Research,阐述他们对藏獒高原适应的研究成果。不同的研究团队,不同的研究样本,结论却是一致的,也充分证明了我们科研的严谨性。全球人口几十亿,有效群体只是几万,请勿把群体遗传学理解为每一个个体都要研究。国内外并未有哪一家鉴定机构公布数据库样品的包括问题中提到的诸多信息。

21、藏獒分子遗传特征样本或数据库所涉及的符合检测结果的犬只是否呈现逐年减少的趋势,数据库是否在逐年扩大,扩大过程中是否出现问题,如果数据库在进行不断扩大,每年进入数据库犬只的量是否有统计,是否呈现逐年下降的趋势(即符合数据库标准的犬只数量在逐年递减)
受限于目前送来的鉴定样本数量,无法给出具有统计意义的趋势结论。如上所说,我们用来进行检测的数据库已经囊括了不同地区,样本重组,具有充分的代表性,同时考虑到目前藏獒产业的过度繁殖,因此并未将送来鉴定的样本纳入检测数据库,但保留了数据信息及样品。

22、如仅通过高原适应性检测,再结合藏獒标准进行外观上的筛选与淘汰,符合外观标准又具有高原适应性的犬只与科学检测可能产生的偏差有多大
不知这个用来外观筛选与淘汰的标准是基于什么样的藏獒标准。因为就目前的科研结果来说,藏獒的遗传背景十分丰富,即藏獒的外观形态会存在很多差异,这也与藏獒的形成历史相符。据了解,不同犬业组织对藏獒的形态判定标准也有很多差异。因此如果就以某个标准主导,在父母本通过高原适应性检测的基础上对后代进行外观上的筛选的话,那选择下来的个体肯定能通过高原适应性检测,只是这样做的话,就会很大程度地把藏獒的遗传多样度摒弃,成为以点概面的事例。

23、如仅通过高原适应性检测及其他犬种排除检测,再结合藏獒标准进行外观上的筛选与淘汰,符合外观标准又具有高原适应性的犬只与科学检测可能产生的偏差有多大
请参考第22点回答。

24、是否可能出现即具备高原适应性,又通过了其他犬种排查以及藏獒分子特征比对的犬只在外观上与藏獒标准出现不同程度的不符与背离,如有可能,比例及几率
请参考第22点回答。因为藏獒具有很高的遗传多样度,形态非常丰富,因此不同犬业组织对藏獒的形态判定标准也有很多差异,而且不同的形态判定标准或受限于历史形成因素(如国外的藏獒有很强的建群者效应),或受限于地理政治因素(如不同地方政府推出的地方藏獒鉴定标准),都只是针对一种藏獒类型来说,以点概面,以偏概全,换言之,即从现在的实际情况出发,无法归纳出一个针对藏獒外形的、系统、全面的标准。因此无法衡量检测技术与外观上的不相符程度。

25、高原适应性检测、其他犬种排除检测及藏獒分子特征比对检测中是否涉会考量被检测犬只的外貌特征,如有考量,其外貌特征在评判中所占的比例为何,外貌特征以何种标准为依据
DNA检测目前只针对高原适应性及排异两个方面内容,对形态特征一概不做分析。当然下一步会根据研究内容的深入建立一套系统的分子育种技术,对不同的性状特征如体型、毛色、头型、毛质等进行区分。

补充问题:

1、是否具备高原适应性,是否有采集过样本,如不具备,是由于杂交引起,还是由于环境改变及繁殖代数太多造成,如何论证
尚未收集过国际上的主流赛级藏獒样品,有待进一步研究。

2、通过中科检测的犬只外观上具备何种共性,又具有哪些差异(概括而言)
藏獒的有效群体相较于其他犬种丰富得多,即表型差异十分丰富,且我们进行鉴定时只检测DNA,并没有外型信息,因此无法总结表型异同,参见第25点回答。

3、对于通过了中科检测的犬只,中科如何看待不同区域(产区)的犬只
不同产区的藏獒均具备一致的高原适应遗传基础,之前不同研究团队、研究样品得到相同的结论已充分论证了这一观点。不同区域可能具有区域特异适应性,这方面内容有待进一步研究。

 

                                       云南中科藏獒种质资源技术开发有限公司

                                    中科院昆明动物研究所藏獒种质资源繁育研究基地

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